成红色，从此，便有了“赤眉军”，
当时，赤眉军军纪严明，而王匡、廉丹的官军却四处掳掠百姓，关东地区民众都心向着赤眉军，“宁逢赤眉，不逢太师，太师尚可，更始杀我，”的歌谣到处传唱，两军交战后，王匡、廉丹的官军被打得四处溃逃，死伤万余人，赤眉军乘胜猛追，于无盐今汶上境再次激战，杀死廉丹，赶跑王匡，消灭官军10多万，此后，樊崇挥师南下，连攻彭城今江苏徐州、沛郡今安徽濉溪、汝南今河南上蔡、陈留今河南开封等地，连战连捷，接着，再向东下鲁城今山东曲阜，向西破濮阳今河南今县，前后5年，樊崇率赤眉军艰苦奋战，基本上消灭了王莽新朝在华东、中原的主力部队，为推翻新莽王朝做出了巨大贡献，
刘玄更始元年23年，王莽新朝灭亡，更始皇帝刘玄在绿林军的拥立下即位并迁都洛阳，不久，刘玄就派使招降樊崇和赤眉军，樊崇表示归附更始政权，与20多名赤眉军领袖在洛阳受封列侯，赤眉军也与更始官军联合作战，连获大捷，兵力扩大到30营、30多万人，但是，随着政权的稳固，刘玄开始背叛拥其为帝的农民起义军，并派兵袭击赤眉军后方，樊崇遂与刘玄政权决裂，他决定立15岁的汉宗室刘盆子为帝，自号建世，
更始三