年建世元年，25年，赤眉军建立了以刘盆子为皇帝的政权，樊崇被任为御史大夫，同年九月，赤眉军攻下长安今西安，推翻刘玄政权，处死刘玄，刘盆子入居长乐宫，樊崇率百万大军据守长安大街小巷，一时间，兵士欢欣，百姓舞，到处都是升平景象，然而，这种状况只维持了极短的时间，几乎与赤眉军建立政权同时，汉宗室、南阳豪族刘秀也建立了东汉王朝，称光武帝，他联合地主、贵族势力，分化、削弱农民起义队伍，
光武帝建武二年26年，在刘秀与地方贵族的封锁和连年战争破坏下，由于刘玄旧部和关中豪强武装夹击，长安粮绝，境况困苦，赤眉军士兵多是山东人，此时思乡心切，而且纪律也日益涣散，事故迭出，为了摆脱困境，樊崇于东汉建武二年公元26年十二月被迫退出长安，
建武二年公元26年十二月，赤眉军在与汉将邓禹、汉中延岭、更始将军李宝所部连续苦战后，仅以20万人突出长安东返，
建武三年公元27年正月，以佯败诱敌之计败邓禹、冯异军于湖县今河南灵宝西北，
三月，樊崇率军进抵湖今河南灵宝境、崤底今河南渑池境，遭到刘秀派遣的大将邓禹、冯异的接连攻击，损失惨重，接着，在宜阳又遭到刘秀亲自率领的大军的