左右登文楼抢运永乐大典，一夜中竟下谕三四次，焦急失态之状，足见永乐大典在他心中之重。
虽然最后抢救下来了，但嘉靖为防不测，特颁旨将永乐大典重录了一套副本。四年后，永乐大典有了副本。正本存放文渊，副本藏在皇史。可是却从此时起，永乐大典正本的去处就音讯渺然。
有人认为它毁于清代乾清宫大火，但这个说法却站不住脚，因为乾隆年间编辑四库全书时，由于要从永乐大典裒辑佚书，曾经在宫里宫外都查找过永乐大典。如果正本还藏在皇宫，肯定不可能要去宫外查找。
另外还有说法说是被李自成烧掉的，李自成即位称帝之后便匆匆撤离京城。他将怒火发泄在京城这些几百年的宫殿和城楼上，下令放火焚烧。在这样一个人人自危的乱世，已经没有人会去顾及一部书的存在和命运。
但这同样也没有依据，李自成是烧毁了一些书，但并没有记载烧的就是永乐大典。而且，连明朝太监都不知道永乐大典正本存放在哪里，怎么证明李自成烧的就是永乐大典呢这也只是一种猜测之辞。
尽管众说纷纭，说法不一，但一个不可改变的事实是，几百年来，永乐大典正本却从未现身过。所有的正史野史也找不到关于正本的准确记载。