司、太医院、詹事府、翰林院；西侧置有钦天监，其测候台设在鸡笼山、旗手卫、锦衣卫、通政司。
在中央官署六部中，只有刑部没有设在洪武门内。
刑部、都察院和大理寺并称“三法司”，设置在太平门外的太平堤西侧。
据称：“三法司门往北一带，旧有大墙，总括三法司、京畿道在内。”
这里的“大墙”虽不能与宫城、皇城、京城以及外郭城墙相比，但其耗用的建材和民工，相当可观。
当时朝廷全面负责南京建造的机构是工部，且作为其首要的任务。
具体负责皇城建造工程的单位是营缮所，仍归工部管辖。
该项所位于通济门大街上。朱元璋自“旧内”迁入“新宫”后，原来居住的元御史大夫宅成为应天府署的所在地。
其他相当数量的中央及地方官署，散布皇城的各个地方。
在建造殿堂坛庙时，用心良苦，建造极为讲究。
以祭祀的坛庙为例，先后建造、改建过的主要祭祀坛庙有：
圜丘、方丘、天地坛，社坛、稷坛、社稷坛，太庙、帝王庙、功臣庙等，约二十多座散步于京城各处。
最集中建造的庙宇是在鸡笼山南边山脚下的祭庙，