殿、华盖殿、谨身殿三座大殿，构成了宫城的主体部分。
往北过乾清门即进入宫城的后廷部分，后廷南面正中的大门为乾清门，门外左右各有金狮一座，乾清门内为乾清宫大殿。
宫殿左边有日精门，右边有月华门，殿的东西有斜廊，廊后左边有东暖阁，右边有西暖阁。乾清宫后为坤宁宫，坤宁宫东、西两侧为东六宫、春和殿和西六宫、柔仪殿、西宫。
此外，宫城内还有大本堂，位于柔仪殿旁的奉先殿，位于奉天门之东的文渊阁，位于后宫西北角的御花园，位于坤宁宫后的内花园，以及一座不算太小的“动物园”。南京宫殿上的所有坊额、匾额，据称统一由詹希源手书。宫城城墙的城砖，早期由军工夫在应天府当地烧造，后来在改筑宫城时使用了一些其他地方烧造的城砖。
中央一级官署，基本安置于皇城洪武门内千步廊的两侧。从南向北来看，千步廊东侧为工部、兵部、礼部、户部、吏部、宗人府，千步廊西侧为太常寺、后军都督府、前军都督府、右军都督府、左军都督府、中军都督府，基本按照文左武右的格局。
《东隋国京城图志·序》称之为：“六卿居左，经纬以文，五府处西，镇静以武。”
千步廊后，东侧置有东城兵马