此，黑旗军被严重高估了，越南被法国入侵，向清廷求救，清廷觉得刘永福和黑旗军是法国的克星，一方面派遣援越远征军，一方面联系刘永福抵抗法国军队。
然后不出意外的失败了。
刘永福后来被召回国内，历任南澳、石褐总兵将近十载，被招安后屡遭压制，最后黑旗军在不断和法国入侵者战斗拉扯中，让清廷给玩残了。
一批老将死的死，走的走。
在1894年的中日战争时期，清军水陆皆败，湾湾孤危，清廷就让刘永福带着最后残留的黑旗军去湾湾驻守。
这是清廷一石二鸟的计策，一方面将这支“异端”部队消耗殆尽，一方面也为了救湾湾。
1895年，李鸿章和日本签订《马关条约》，将湾湾割弃。
当时的湾湾百姓誓死不肯脱离祖国。
刘永福为湾湾百姓民望所归，带着众将士和百姓保卫国土。
后来日本不断地增兵，湾湾绅民做了大总统印，想要让刘永福上位。但刘永福坚定拒绝，说：“区区此印，无能为力。”
他在湾湾坚持到了最后，日军增兵两万，不断蚕食，在缺兵少粮，人心不稳的情况下，刘永福坚持到了最后一战，终于不敌，落败后逃回了大陆。