、按察使、左右布政使等。
他一直在山西为官，却没有接受晋商的贿赂，得以在前年的清洗晋商之事中保全了自身。但因为他是山西布政使，也还是被晋商之事牵连入狱。好在黄克缵爱惜他的才华，审察明白他没有与晋商有瓜葛后，极力在朱由校跟前为他开脱，才使得他免了被罢官。仅仅停职调查了一年以后，便被起复。天启二年的春天，以右副都御史的身份被派离京师，巡抚福建。
这时候就看出了大明文人的另一面。南居益以谈判的名义，宴请荷兰舰只的军官。席间美酒佳肴，灌醉了所有的军官后，南巡抚下令将酒醉的荷兰人枭首，以报厦门登陆战中水师丧生的将士之仇。余下的荷兰士兵，群龙无首，仓促间逃到了澎湖列岛。
南居益下令福建的所有船只围困住澎湖列岛，等待朝廷的援军。
南居益的第二封八百里加急，是隔了四日送往京师的。等这第二封八百里加急到京师的时候，徐光启已带了最新式的火pào去天津港。崔景荣站在养心殿里，心情已不复前几日的忐忑。
他刚从天津港回来，带回来新式战船试验成功的好消息。
朱由校看着兴奋的崔景荣就知道是好消息，他笑着把南居益的加急战报递给崔景荣。