最高的厉苍旻领职为署正，相当于掌门，而署尹的慕容泠，相当于门派的执事长老，掌管昌平仙署大小事务。昌平仙署官职还有细分，目前有丹部、符部、器部、阵部和道部。
顾名思义，丹部、符部、器部、阵部乃丹药、符箓、炼器和阵法四种修仙技能简称，以监正为统领。丹部由慕容泠为监正，符部乃苏星宇为监正，器部乃李世达为监正，而阵部，十三人当中没有修习阵法的修士，便空置了下来。至于道部，是厉苍旻考虑到俗世道士除魔驱邪的能力另加的部门，召集了坤元子当道部监正。
昌平仙署的建立，不仅民间反应剧烈，在朝廷中也引起了一番震动。昌平仙署，说白了就是官方认证的修仙门派，一群人领俸禄修仙，在特殊的日子里施施法下点小雨小雪就可以了，并没有卷入权力中心，不少大臣非但没有反对，反而乐见其成，暗中动作期待能把自家孩子送进去。
但是这并不代表着没有反对者，以石和文为首的赵王派担心秦王从此坐大，不敢明目张胆地反对利国利民的昌平仙署，反而把矛头对准了慕容泠——从始至终都没有女子任官的道理。
慕容贲为首的武将们自然开始反驳，直言昌平仙署本来就是为修士设置，官职不过是虚名，连诸天神仙中都有王母