殆尽，但仍有残余，其中又以九黎族最为强大，而九黎族的酋长就是蚩尤。那时候，人族处于稳步崛起的阶段，然后蚩尤领导巫族大军，以巫族秘术制造十二都天神煞大阵，欲聚十二祖巫之灵为己所用。但人教大兴，轩辕又被封为人皇，并拜师于广成子（广成子为阐教十二金仙之首），广成子助轩辕对抗蚩尤（又有昊天天帝派九天玄女赠送天书）。
逐鹿大战当中，蚩尤手持炼妖壶，大开杀戒，无可匹敌。但广成子也是神通广大，实乃元始天尊门下首席大弟子，更是拥有番天印，落魂钟等诸多法宝，而且轩辕还有九天玄女相助。
九天玄女何许人也，那可是一位女战神，她不仅神通广大，法力无边，还精通兵法，天书就是她自创出来的兵法奇书。虽然蚩尤手持炼妖壶，但也打不过人族大军。蚩尤战败之后，巫族痛苦不堪，刑天一怒之下，杀上天庭，并于天帝大战，却被天帝一剑斩下头颅。却不曾想，刑天怨念太深，并未身死，乃以乳为目，以脐为口，操持神兵干戚继续拼杀，冲天的暴戾之气，直接把天帝都给吓跑了！
然而巫族大势已去，必败无疑，刑天最终也逃离躲避起来。至此，巫妖两族彻底销声匿迹，不复存在，那些残存的势力，跟当年的上古妖族一样，全都躲藏起来了