在霍格沃茨密室里藏匿了千年的蛇怪与笔记本里灵魂形态的少年伏地魔是影片的最终BOSS，不过除了这两者外的其他反派戏份，都被卢修斯·马尔福给承包了。
卢修斯·马尔福家里藏着大量的非法魔法物品，并把伏地魔的一本旧日记偷偷塞给了金妮·韦斯莱，日记里有伏地魔16岁时的记忆，通过这本日记，伏地魔成功利用金妮打开密室，放出了里面的蛇怪，并在霍格沃茨制造了一系列的恐怖事件。然后利用霍格沃茨不再安全为理由，卢修斯·马尔福又强迫校董事会的其他董事签下罢免令，迫使邓布利多离开霍格沃茨，同时也赶走了海格，达到了自己操控学校的目的。
不过，密室最终还是被哈利·波特打开了，并且哈利在朋友的帮助下，不仅杀死了蛇怪，还毁掉了少年伏地魔的记忆、救下了金妮的生命，当然，同时也挫败了卢修斯的邪恶计划，邓布利多重回霍格沃茨，怒气冲冲的卢修斯冲进学校，还被哈利用小手段设计了一下，令马尔福家的家养小精灵多比获得了自由。
影片的最后当然是大团圆式的结局，邓布利多回来了，海格也回归了，所有被石化的学生也都醒了过来，霍格沃茨全体师生聚在一起吃学年结束前的最后一顿晚餐，明亮的烛火和欢乐的气氛充