在大圣杯被破坏不久，反派间桐脏砚出现，这些年假死，身体化身成为虫子的间桐脏砚，身体从一堆虫子中重组成人形。
接下来，间桐脏砚向接见魔术协会的一些代表，向他们介绍大圣杯的历史和构建，在间桐脏砚这个怪物的介绍下，几名强大的魔术师迅速的上钩，开始成为帮凶，帮助他重建大圣杯。
在远坂凛和卫宫士郎不知情的情况下，间桐脏砚等人开始恢复了大圣杯，并且，启动了第六次圣杯战争！
间桐樱知晓老怪物脏砚现身，试图阻止他的阴谋。
间桐樱早就不是吴下阿蒙，原本被圣杯碎片改造成隐藏的小圣杯的间桐樱，在第五次圣杯战争的黑泥污染下，间桐樱拥有不亚于老怪物脏砚的力量。
但是，老怪物间桐脏砚利用间桐樱的心理弱点，告诉她，如果间桐樱加入他的计划中，以她强大的力量，必然会成为圣杯的胜利者。届时，作为胜利者，间桐樱可以许愿，让卫宫士郎改变心意，甩掉远坂凛，跟樱在一起。
这这个劝说，让本来就有点黑化的樱还是加入了反派联盟中。
但这一次圣杯战争也出了更大的状况，早期的圣杯战争主要是阿赖耶侧的英灵之间进行圣杯战争。阿赖耶是人类意识构成的抑制力