究所等。
《鸟の人》取材自统合战争时期的故事，1999年7月，一艘巨大的外星飞船坠落到南亚塔利亚岛上。地球也随着这颤抖的大地一样分裂成了两派：统合政府和反统合联盟，一场漫长的统合战争就此拉开了序幕。
工藤真，这位地球统合海军的f14飞行员。驾驶技术高超，但目中无人。连副驾驶艾德加有时也必须对他忍气吞声。某日，真和队友执行任务归舰途中。突然遭到不明的可变战斗机袭击，所在队的全数战机亦被击坠。
在飞机爆炸前弹出逃生的真，被玛雅岛上的当地人救起，负伤的他不仅不感恩，反而对这里的居民抱有敌意。但是随着和岛上的风之巫女莎拉以及她的妹妹玛奥相处一段时间后，他渐渐对纯朴的她们消除了隔阂，也从这里的古老传以及莎拉的特殊能力中，感觉到这个岛并非只是与外界来往较少，它似乎有着不同寻常的地方。
与此同时。统合军不仅对外星飞船的研究中发现了成果，还在海底找到了极有可能是史前明的残骸，领导此项研究的阿莉斯博士的前男友——罗伊?福克亦正担任海军骷髅队的队长，正是由他驾驶最新型的vf0可变形战斗机率队进行第一次实战！
激烈的变形机空战在岛的周围展开，不断将