个是亚洲的朱雀堂，一个是美洲的暗杀者俱乐部，一个是欧洲的猎人协会。
每一个杀手在进入杀手界的那一天起就必须选择一方加入，一旦加入则会受到组织的限制，同时组织也将给你提供最好的训练以及最顶尖的装备。
三大组织存在多久没有人知道，但他们一直都是竞争者，每个组织内都有严格的等级制度。
朱雀堂的等级制度分四等，分别是初级杀手，中级杀手，高级杀手，王牌杀手。
暗杀者俱乐部同样也分四等，分别是一星杀手，二星杀手，三星杀手，四杀手。
猎人协会也相同，分别是青铜杀手，白银杀手，黄金杀手，钻石杀手！
当然，每个杀手组织都有自己的标志，朱雀堂的标志就是一根燃烧着火焰的羽毛，每个朱雀堂的杀手武器都有相应的标志，初级是一根羽毛，中级是两根，高级是三根，王牌是四根。像申正焕的狙击枪就有四根燃烧着火焰的羽毛。
暗杀者俱乐部的标志是一个巨大的五角星，星星的中间是一个被一把利剑贯穿太阳穴的骷髅头。每个暗杀者俱乐部的杀手武器也有相应的标志，像修罗就是属于暗杀者俱乐部的杀手，他的短刺就会有四颗五角星的标志。
猎人协会的标志是两