而且位处在四国岛的雾隐忍者村也步上了云隐忍者村的后尘。
又一个二十天后，同样的围剿发生在了北海道岛，或许是因为有了头两次经验的缘故吧，或者这一支军队已经熟练了火枪作战，这一次的伤亡最小，无一人死亡，只有重伤一人，轻伤三人，俘获日本女人、女孩和女婴共计十五万，剿灭了沙隐忍者村。
又一个二十天后，再次调来二十万大军的洪天啸下达了围剿本州岛的作战指令，四百艘战舰将本州岛团团围住。这一次的登陆与前三次完全不同，先是红衣大炮的一番轰炸之后，四十万大军才如潮水般涌上了岸。
这一次的战术与前三次相差无几，也是层层推进，将包围圈逐渐收缩的作战方案。以海边的江户为中心，三面推进，另外封锁海区，防止日本天皇从水上逃走。
这一代的日本天皇是灵元天皇，灵元天皇是后尾天皇第十六皇子，母亲为内大臣园基音之女园国子。灵元天皇个性刚强，意志坚定，作风豪迈。在与幕府交涉时，也很明白地展现自己的立场主张。他也开始恢复大尝祭等古代礼仪，有所贡献。1684年，他开始有让位给皇太子朝仁亲王的想法，但因当时将军德川纲吉慰留，一直到1687年才正式让位，他成为太上皇，并且以太上皇的身