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二月中旬，杜克集结自己的后期制作团队，找来连续第三次合作的剪辑师麦克?道森，正式开启《独立日》的后期制作，按照他的预计，影片的后期制作最快也要到六月初才能完成，杜克为影片的后期开出了足足四个月的规划。
实际上，如果没有繁琐到极致的电脑cgi特效合成，杜克有信心在五月份就结束所有的后期工作，可惜特效无法省时省力，工业光魔的特效团队从去年十月份开始特效制作，除去完成了超级碗广告中的特效场景外，其他特效画面才是雏形。
影片中所有的空战场面都需要特效合成，杜克还需要将演员剪辑进特效镜头中，即使在拍摄时，模型制作部门为影片制作了3978架f-18战机、52278块碎片、3931架外星战机、1549枚导弹和22014个光球，《独立日》需要的cgi特效镜头依然接近4000个，这是一项庞大的工程。
因为要配合特效部门，杜克的后期工作只能用龟速来形容，而且他对于特效制作，总有种有力无处用的感觉。
电脑特效是相当繁琐和专业性的工作，杜克可以提出自己的要求，也能对制作出的场景指手画脚，不过让他亲自上阵，那就完全超过能力范围了。