又半个月后，经过精心的安排，火箭队首次公开进攻各大城镇。由此，神奇宝贝世界历史上最黑暗动乱的时代拉开了帷幕。
以胡飞掌控火箭队为原点，时间向后推移计算。
1个月后，火箭队四干部之一，忍者阿桔带领百余火箭队精英，悍然突袭尼比市。不仅踏平尼比市的道馆，而且劫掠了着名的尼比博物馆。
尼比博物馆是尼比市最主要的建筑之一，儿童票要50元。在一楼有化石翼龙和镰刀盔的化石，进行的神奇宝贝化石展览。二楼有一块空地放着巨大的哥伦比亚航天飞机的模型。平常游客还可以见到来自于月亮的月之石的传闻。
这些最珍贵的化石被阿桔夺走。胡飞将其全部调拨给新建立的火箭队0号科研所。说科研所其实名不副实，因为全科研所的科学家只有超梦一员。
胡飞将得自正辉的神奇宝贝心情资料、夏伯的化石还原技术统统交给超梦。超梦原本的智力便和人类相当，又因为是超能系神奇宝贝，脑域发达，善于计算推导。
这些化石都经过超梦的还原，化成活生生的古代神奇宝贝：化石翼龙、菊石兽、化石盔。
愤怒之湖的变异神奇宝贝计划，也因为正辉的资料，顺利完成。第一个改造变异成功