以后，蜕去躯壳，一灵不昧，游行空中，见圣女太元，喜其贞洁，即化成青光投入其口。圣女怀孕十二年，始化生于背膂之间，言语行动常有彩云护体。因其前身是盘古、元始天王，就称为元始天尊。
灵宝天尊原称上清高圣太上玉晨元皇大道君。齐梁高道陶弘景编定的真灵位业图列其在第二神阶之中位，仅次于第一神阶中位之元始天尊。唐代时曾称为太上大道君，宋代起才称为灵宝天尊或灵宝君。
道经说他是在宇宙未形成之前，从混沌状态产生的元气所化生。原是“二晨之精气，九庆之紫烟”，后托胎三千七百年诞生，住在上清境的玄都玉京仙府，有金童、玉女各30万人侍卫，万神朝拜，超度之人不计其数。有三十六变七十二化，人们随时随地都可以见到他。
据云笈七签引洞真大洞真经，灵宝天尊系“玉晨之精气，九庆之紫烟，玉晖焕耀，金映流真，结化含秀，苞凝元神，寄胎母氏，育形为人”。灵宝略记则称“太上大道君以开皇元年托胎于西方绿那玉国，寄孕于洪氏之胞，凝神琼胎之府三千七百年，降诞于其国郁察山浮罗之岳丹玄之阿侧，名曰器度，字上开元。及其长，乃启悟道真，期心高道，坐于枯桑之下，精思百日而元始天尊下降，授灵宝大乘之法十部妙经”。